1517 yılında Martin Luther, Almanya’da gerçekleştirdiği reformla Katolik Kilisesi’nden ayrılır ve Protestan Kilisesi’ni kurar. Reformdan önce tüm Katolik ayinlerinde Latince metin okunmaktadır. Luther ilk iş olarak özgün metni Almancaya çevirtir. Sonra Almanca metinler eski, bilindik şarkıların melodisine uyarlanır. Bu arada her ülke kendi dilinde konuşmaya, dua etmeye ve kendi dilinde şarkı söylemeye başlamıştır.
Luther Kilisesi’nin müzik dünyasına en önemli katkısı “koral” adlı ilahi biçimini getirmek olmuştur. Fransa’da “psalm”, İngiltere’de “anthem” olarak anılan bu biçim saf şarkıdan köklenip gelişmiştir. Almanya’daki Luther Kilisesi’nin müziği 18’inci yüzyılda Johann Sebastian Bach’in besteleriyle doruğa ulaşacaktır. İngiliz müziğinde de etkisini hemen gösteren Reform, Thomas Tallis ve William Byrd gibi bestecileri ortaya çıkaracaktır.
Reform, İtalya gibi Katolik ülkelerde Karşı Reform’la sonuçlanmıştır. Kuzey İtalya’da 1545-1563 yılları arasında toplanan bir kurul (trend konsülü) kilisedeki gevşekliğe karşı önlemler alma çabasındadır. Müzik konusunda da yakınmalar vardır: Çoksesliliğin ve halk ezgilerinin kiliseye girmesiyle kutsal ortam bozulmaktadır. Çoksesli bir koroyla kalabalık çalgılar topluluğu, kutsal metnin anlaşılmasını olanaksız kılacaktır. 1562’de Papa, yalın ezgi geleneğindeki sınırlı kalıplara dönmeyi ve eski kilise kurallarının uygulanması gereğini duyurur.
Öte yanda, Giovanni Pierluigi da Palestrina, altı sesli Missa Papae Marcelli’yi besteleyip yayınlayarak çoksesliliğin sözcükleri anlamakla bir ilintisi olmadığını, böylesine bir missa’nın hâlâ kutsal nitelikli olabileceğini savunur. Çoksesliliğin yalnızca bir teknik, yapıta anlam kazandırma yöntemi olduğunu ileri sürer. Palestrina, sayısı yüzü aşan missa, 375 motet, pek çok dinsel içerikli madrigal ve ilahi bestelemiştir. Yaklaşık yüz kadar da dindışı vokal müzik yapıtı, madrigalleri vardır. Dinsel içerikli yapıtlarındaki karanlık renkler onun Orta Çağ geleneğine bağlılığını gösterir. Bach’tan önce müzik tarihinde hiçbir besteci, Palestrina kadar adını duyurmamıştır. Bu arada aynı yıllarda İtalya’da yaşayan Gioseffo Zarlino da Aristoksenus ve Rameau arasındaki en önemli kuramcıdır. Kontrpuan üstüne bilgiler geliştirmiştir. “Le istitutioni har moniche” en önemli yapıtıdır.
